Rada Kościoła jest organem wykonawczym Kościoła. Skład Rady stanowią przedstawiciele Okręgów Kościoła oraz Przewodniczący Rady Kościoła powoływany przez Krajową Konferencję Kościoła. Obecna Rada Kościoła została powołana na czteroletnią kadencję: 2021 - 2025. Skład Rady przedstawia się następująco:

Prezb. Marek Głodek – Przewodniczący Rady Kościoła

Prezb. Marcin Górnicki – Wiceprzewodniczący Rady Kościoła – reprezentant Okręgu Białostostkiego,

Prezb. Henryk Skrzypkowski – członek Prezydium Rady Kościoła – reprezentant Okręgu Lubelskiego,

Prezb. Mateusz Wichary - członek Prezydium Rady Kościoła  – reprezentant Okręgu Centralnego,

Pastor Dariusz Chudzik – reprezentant Okręgu Pomorskiego,

Pastor Dawid Bednarczyk – reprezentant Okręgu Śląskiego,

Prezb. Grzegorz Gawrych – reprezentant Okręgu Mazurskiego,

Prezb. Adam Gutsche – reprezentant Okręgu Gdańskiego,

Prezb. Zbigniew Sobczak – reprezentant Okręgu Południowego,

Prezb. Daniel Trusiewicz – reprezentant Okręgu Dolnośląskiego.