Rada Kościoła jest organem wykonawczym Kościoła. Skład Rady stanowią przedstawiciele Okręgów Kościoła oraz Przewodniczący Rady Kościoła powoływany przez Krajową Konferencję Kościoła. Obecna Rada Kościoła została powołana na czteroletnią kadencję: 2017 - 2021. Skład Rady przedstawia się następująco:
Przewodniczący Rady Kościoła
prezb. dr Mateusz Wichary
Wiceprzewodniczący Rady Kościoła
prezb. Henryk Skrzypkowski - reprez. Okręgu Lubelskiego,
Członek Prezydium Rady Kościoła
prezb. Marek Głodek - reprez. Okręgu Centralnego
Członek Prezydium Rady Kościoła
prezb. Marcin Górnicki - reprez. Okręgu Białostockiego
Członek Rady Kościoła
prezb. Henryk Kufeld - reprez. Okręgu Pomorskiego
Członek Rady Kościoła
prezb. Adam Gutsche - reprez. Okręgu Gdańskiego
Członek Rady Kościoła
pastor Dawid Bednarczyk - reprez. Okręgu Śląskiego
Czlonek Rady Kościoła
pastor Michał Domagała - reprez. Okręgu Mazurskiego
Członek Rady Kościoła
prezb. Zbigniew Sobczak - reprez. Okręgu Południowego
Członek Rady Kościoła
pastor Wojciech Kowalewski - reprez. Okręgu Dolnośląskiego