Rada Kościoła jest organem wykonawczym Kościoła. Skład Rady stanowią przedstawiciele Okręgów Kościoła oraz Przewodniczący Rady Kościoła powoływany przez Krajową Konferencję Kościoła. Obecna Rada Kościoła została powołana na czteroletnią kadencję: 2017 - 2021. Skład Rady przedstawia się następująco:

Przewodniczący Rady Kościoła
prezb. dr Mateusz Wichary

Wiceprzewodniczący Rady Kościoła
prezb. Henryk Skrzypkowski - reprez. Okręgu Lubelskiego,

Członek Prezydium Rady Kościoła
prezb. Marek Głodek - reprez. Okręgu Centralnego

Członek Prezydium Rady Kościoła
prezb. Marcin Górnicki - reprez. Okręgu Białostockiego

Członek Rady Kościoła
prezb. Henryk Kufeld - reprez. Okręgu Pomorskiego

Członek Rady Kościoła
prezb. Adam Gutsche - reprez. Okręgu Gdańskiego

Członek Rady Kościoła
pastor Dawid Bednarczyk - reprez. Okręgu Śląskiego

Czlonek Rady Kościoła
pastor Michał Domagała - reprez. Okręgu Mazurskiego

Członek Rady Kościoła
prezb. Zbigniew Sobczak - reprez. Okręgu Południowego

Członek Rady Kościoła
pastor Wojciech Kowalewski - reprez. Okręgu Dolnośląskiego